Marcus Rothkowitz nasce a Dvinsk, in Lettonia (all'epoca Russia), il 25 settembre del 1903. A dieci anni emigra con la famiglia a Portland, negli Stati Uniti. Fin da giovane manifesta interesse per le arti drammatiche e la musica, elementi che ritorneranno costantemente nella sua produzione artistica. A metà degli anni venti Rothkowitz si trova sempre più spesso a New York dove frequenta il corso di natura morta tenuto da Max Weber, entra in contatto con artisti e trascorre molto tempo nelle gallerie e nei musei più prestigiosi della città, in particolare il Metropolitan Museum of Art. In occasione di una collettiva del 1928 espone per la prima volta alcuni paesaggi. A partire dal 1929 insegna educazione artistica alla Center Academy del Brooklyn Jewish Center.
Gli anni trenta sono molto prolifici per Mark Rothko, continua ad insegnare e prende parte a diverse mostre collettive. Nel 1935 fonda, insieme a nove artisti di tendenza astrattista ed espressionista, tra cui Adolph Gottlieb, il gruppo denominato "The Ten", con il quale espone fino al 1939, quando il gruppo si scioglie. In occasione di una mostra, nel 1935,Rothko presenta per la prima volta un dipinto dal titolo Subway, il tema della metropolitana lo interesserà fino al 1939.

Nel 1940 l'artista abbrevia il proprio nome in Mark Rothko. I soggetti dipinti nei primi anni quaranta appartengono al mondo del mito e all'immaginario onirico, opere quali Antigone e Oedipus; verso il 1944 appare evidente l'interesse per il surrealismo. Insieme a Jackson Pollock e Robert Motherwell partecipa ad una mostra presso la galleria Art of This Century di Peggy Guggenheim, che inizia a essere la sua agente. Nel 1945, dopo essersi separato dalla prima moglie Edith Sachar, sposa Mary Alice (Mell) Beistle, che sarà la madre dei suoi due figli, Kate e Christopher. E il 1946 quando Rothko abbandona ogni riferimento all'immaginario biomorfico: è il periodo dei "Multiforms".

Nel 1950 i Rothko viaggiano in Europa per cinque mesi. Tornato a New York l'artista continua a esporre nei musei e nelle gallerie più importanti della città. Nel 1958 Rothko partecipa alla XXIX Biennale di Venezia come rappresentante degli Stati Uniti insieme ad altri tre artisti. Nello stesso anno gli vengono commissionati dei murali per la decorazione del ristorante Four Season, all'interno del Seagram Building progettato da Mies van der Rohe e Philip Johnson. Nel 1959 i coniugi Rothko con la figlia Kate trascorrono alcuni mesi in Europa.

Gli anni sessanta vedono l'artista costantemente impegnato sia a dipingere che a curare personalmente le proprie esposizioni.
Nel 1962 riceve l'importante commissione degli Harvard Murals e due anni dopo quella della Houston Chapel in Texas che lo tiene impegnato fino al 1966 anno in cui, assieme alla famiglia, viaggia per la terza volta in Europa.
Nel 1968 inizia a soffrire di problemi di salute, l'anno seguente si separa dalla moglie Mell. I suoi dipinti dalle tinte cupe denotano un periodo difficile per l'artista.
Mark Rothko si toglie la vita il 25 febbraio del 1970 nel suo atelier, lasciandoci - con i Black on Gray Paintings - un'ultima serie di dipinti a carattere murale concepiti per uno spazio ideale.